Vấn đề lớn nhất là làm thế nào để mua nhiên liệu. Bộ Kinh tế, Thương mại và Công nghiệp dự kiến sẽ sử dụng "gỗ lạng" để tỉa cây cho mục đích trồng rừng núi trong nước, nhưng chi phí có xu hướng cao. Trên thực tế, hơn 70% số nhà máy điện đã đăng ký (tính theo quy mô phát điện), kể cả những nhà máy chưa vận hành, dự kiến sẽ nhập khẩu nhiên liệu từ nước ngoài.
Vào tháng 9 năm 2008, 17 tổ chức phi chính phủ (NGO) tại Hoa Kỳ đã phản đối Bộ Kinh tế, Thương mại và Công nghiệp và Cơ quan Lâm nghiệp rằng sinh khối để phát điện do Nhật Bản nhập khẩu từ Hoa Kỳ có tác động tiêu cực đến khí hậu. , rừng và cộng đồng địa phương. Nó đã được gửi đi. Tại Hoa Kỳ, ông chỉ ra rằng các công ty địa phương chặt bỏ cây tự nhiên và xuất khẩu sang Nhật Bản thay vì gỗ mỏng.
Thứ hai là cách nghĩ về khí thải CO2 khác với khi đốt. Khí mê-tan được tạo ra khi cọ được xử lý để tạo ra điện dễ dàng hơn và khí nhà kính được thải ra. Lượng khí thải sẽ tăng lên nếu vận chuyển qua đường biển.
Thứ ba là chỉ trích từ góc độ đa dạng sinh học. Người ta nói rằng có những ví dụ về các đồn điền cọ dầu được tạo ra bằng cách khai thác các khu rừng ở nước ngoài. Ở Đông Nam Á, rừng ngày càng giảm do sản xuất điện sinh khối, và có những trường hợp đười ươi bị săn đuổi.
Châu Âu và California đã thông báo rằng họ sẽ không công nhận sản xuất năng lượng sinh khối bằng nhiên liệu thực vật là năng lượng tái tạo, được thu được từ các phương pháp phá rừng dẫn đến sự gia tăng khí nhà kính. Trước tình hình đó, các cuộc thảo luận đã bắt đầu ở Nhật Bản về những việc cần làm với chứng nhận sản xuất điện sinh khối.
Giáo sư Seiji Hashimoto của Đại học Ritsumeikan nói, "Sinh khối thải ra khí nhà kính ngay cả trong quá trình sản xuất và vận chuyển. Không nên cho phép sử dụng nhiên liệu sinh khối không dẫn đến giảm phát thải." Một người phụ trách của Bộ Kinh tế, Thương mại và Công nghiệp cho biết về chứng nhận trong tương lai, "Chính phủ sẽ xác minh hệ thống chứng nhận và cải thiện nó nếu có bất kỳ điểm bất cập nào."
Một cuộc họp của các chuyên gia từ Bộ Kinh tế, Thương mại và Công nghiệp được tổ chức vào tháng Tám. Một trong những thành viên của ủy ban đã thúc giục xem xét lại hệ thống của Nhật Bản, nói rằng, "Bất kể nó được áp dụng ở đâu (kể cả ở nước ngoài), sẽ có vấn đề về độ tin cậy của chứng nhận trừ khi người ta nói rằng nó sẽ như vậy."
Tuy nhiên, có nhiều nhà máy điện đã đi vào hoạt động hoặc được FIT phê duyệt. Nếu những lời chỉ trích từ châu Âu và Hoa Kỳ ngày càng gia tăng và doanh nghiệp bị buộc phải xem xét lại, tác động có thể rất đáng kể.
Nếu lượng phát thải khí nhà kính tăng lên đáng kể nhưng được chứng nhận là năng lượng tái tạo, thì điều đó mâu thuẫn với mục tiêu của FIT và khử cacbon. Nó có phù hợp với vai trò dự kiến đối với trung hòa carbon (không phát thải carbon thực) trong 50 năm không? Xác minh liên tục là bắt buộc.
